Seit 1980 bemüht sich die Musikwissenschaft, zu verschollenen oder nur „indirekt“ bekannt gewordenen Werken Francesca Caccinis, der kaum zu überschätzenden weiblichen Stimme des Frühbarock, Quellen und originale Partituren sowie Stimmauszüge aufzuspüren. Auch Rekonstruktionsversuche von bisher verlorenen Opern, Oratorien und anderen Vokalwerken hat es bislang gegeben.
Die Musikologinnen Barbara Nestola und Elena Biggi unternahmen zwischen 2011 und 2014 eine Rekonstruktion der Arien und Sinfonien zum erhaltenen Libretto der 1625 veröffentlichten Oper La liberazione di Ruggiero dall’isola d’Alcina, die sich in anschließenden Einspielungen, zunächst durch Paul van Nevel mit dem Huelgas Ensemble, niederschlug. Von dem frühen Oratorium Il martirio di Sant’Agata (1612) liegt zwar der Text vor, die Musik jedoch nicht. Das Libretto zu Il Girello (1620), das in Florenz verlegt wurde, ist in Fragmenten erhalten, aber aus dem Oratorium L’Adamo e Eva, komponiert wahrscheinlich in Florenz um 1623, sind nur wenige Textteile identifiziert worden. Zu dem Bühnenwerk La Flora (1628) sind keine Quellen vorhanden.
In den Jahren 1610 bis 1630 schuf Francesca Caccini weitere Monodien und Arien, die erwähnt wurden, von denen aber nur die Texte in den Inventaren der Medici-Bibliotheken aufliegen. Die Komponistin Carolyn Abbate und Musikwissenschaftler/innen aus den USA und Italien bemühten sich dazu zwischen 1980 und 2000 um stilisierte Neukompositionen, um der Lücke ein Gehör zu geben. Teilweise erhalten ist der Text zu den zwischen 1615 und 1630 von Caccini komponierten Sacri concerti. Anzumerken ist zu den Rekonstruktionsversuchen, dass sie auf Stilanalysen von Fragmenten der Musik Caccinis basieren.
Vollständig auf uns gekommen ist nur Il primo libro delle Musiche von 1618 und dank der Bemühungen von Barbara Nestola die komplette Partitur der ausgedehnten Oper La liberazione di Ruggiero dall’isola d’Alcina (1625) sowie einzelne Melodien für Frauenstimme und einige Partituren und Basso-continuo-Auszüge, etwa zu den Liedern Intorno all‘ idol mio und Lamento della ninfa.
Bemerkenswert und erstaunlich für die Zeit des Schaffens von Francesca Caccini (1587-1641) ist, dass in ihren programmatischen Werken Frauen als Heldinnen die Hauptrolle spielen und selbst in der Oper um den Kreuzritter Ruggiero steht die von Ludovico Ariosto in Orlando furioso (1516/1532) eingeführte Zauberin Alcina im Mittelpunkt und zieht die Fäden.