Selbst Sohn eines Musikers reihte sich João de Deus de Castro Lobo als Organist bald nach den Umbruchsjahren der Napoleonischen Kriege in die Riege der zahlreichen Organisten ein, die zahlreiche Aufgaben an ihrer jeweiligen Kirche versahen. Castro Lobo, der aus einer der wenigen Wiegen brasilianischer Kunstmusik, nämlich Vila Rica kam, fand er zwischen 1820 und 1824 eine Stellung als Kirchenmusiker am Seminar Boa Morte de Mariana, wo er auch seine Priesterweihe erhielt, ein für angehende Musiker durchaus gewohnter Weg, um sich zu etablieren.
Die Region des heutigen Bundesstaats Minas Gerais dürfte Castro Lobo während seiner gesamten Lebens- und Schaffenszeit kaum verlassen haben, gab es für ausgebildete Musiker doch ausreichend Gelegenheiten, ein Auskommen zu finden. Neben und mit dem Engagement am Marianenseminar entstanden aus seiner Feder für den Dienst vorgesehene geistliche Kompositionen, zu deren bedeutendsten ein erhaltenes Te Deum gerechnet werden darf.
Etwa ab 1825 wirkte João de Deus de Castro Lobo als Kapellmeister, an der Kathedrale des Ordem de São Francisco da Penitência. Parallel hierzu ist er auch als Organist am Ordem Terceira do Carmo, nicht weit vom Marianenseminar entfernt, nachgewiesen. Es kann also mit einiger Sicherheit angenommen werden, dass er als „Springer“ gebraucht wurde, weil nicht allzu viele Musiker mit Ausbildung in diesem Raum zur Verfügung standen. In der größeren Stadt Vila Rica erlangte er später auch den Posten eines Orchester- und Chordirigenten am Opernhaus, was nicht als Widerspruch zu seinem Kirchendienst wahrgenommen wurde, sondern einen üblichen Werdegang abbildet.
Der überkommene Katalog seiner Kompositionen umfasst 23 von vermutlich mehr als 40 Werken, die meisten entsprechen den liturgischen Formen zu den Stationen des Kirchenjahrs, insbesondere Matinas, Responsórios Fúnebres und Novenas, eine achtstimmige Messe, eine weitere Messe in D-Dur und Musik zu Weihnachten durchgängig mit vollständigen Solisten-, Chor- und Instrumentalparts sowie eine noch Züge des schlichten empfindsamen Stils tragende Ouvertüre in D-Dur für Orchester, die wohl aus der Periode als Operndirigent stammt. Es ist auch aus dieser Sicht bedauerlich, dass er nur 38 Jahre alt wurde; er starb 1832 am Marianenseminar. Bis zum Beginn des 20. Jahrhunderts wurden seine Partituren dort weitergenutzt.